故事内容延续第一部TV版《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
吉姆（蒂姆·艾伦 Tim Allen 饰）是一名个性冷酷武艺高强的杀手，他只有一个弱点，那就是喜欢听故事。这一回，他的目标是一个名叫芬奇（克里斯汀·史莱特 Christian Slater 饰）的摄影师，没想到，这项本以为能够轻松完成的任务却被芬奇的一个故事给搅黄了。 故事中，一名江洋大盗和女儿将价值连城的宝物埋藏在了底下，然后被捕。在小贼“范”的帮助下，大盗越狱成功，
故事内容延续第一部TV版《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
中世纪一个聚集着精灵的小山村，正义的魔法师卡尔多夫（吉姆·库宁斯 Jim Cummings 配音）驱逐了邪恶而法术高强的女巫德里泽达（薇姬·刘易斯 Vicki Lewis 配音）。德里泽达无法匹敌，恨恨逃走，而她那不谙世事、单纯善良的侄女雅典娜（凯莉·斯泰堡丝 Kelly Stables 配音）则获准留了下来。在此期间，雅典娜还收养了小猫汤姆和老鼠杰瑞。雅典娜敏感的身份以及经常惹祸的猫和老鼠，让女孩一直遭受精灵们的歧视。这一天，汤姆和杰瑞偶然在河边拣到一枚龙蛋，这是之前德里泽达的笨蛋手下们不小心弄丢的，有
人理续存保障机构·迦勒底，对于仅凭魔术无法看见的世界，仅凭科学无法计算的世界进行观测，为了让已被证明会灭亡于2017年的人类史存续下去，日夜持续着活动。人类灭亡的原因，是在历史上数个地点突然出现的“无法观测领域”——“特异点”。迦勒底唯一残存的御主·藤丸立香，与亚从者玛修·基列莱特一同介入这些特异点的事象，从而执行将其解明或破坏的禁断仪式——“圣杯探索 Grand Order”。这一次新发现的是第七个特异点——纪元前2655年的古代美索不达米亚。 由结束了不老不死灵草的探索的“天之楔·贤王吉尔伽美什”所统